La Novena comienza el 6 de Septiembre y culmina el día 14 de cada año, víspera de la Solemne procesión.
El autor de la novena es el sacerdote Francisco Javier Fernández y Pedroza, nacido en Salta en 1722. Es considerada como valioso ejemplo de literatura teocéntrica o religiosa.
En su primera versión la figura central de la Novena fue María Santísima del Milagro y se encuentra reproducida en un texto de toscano. La segunda versión salió en 1787 y la tercera en 1877. Estas tres ediciones tienen una característica que llama la atención y es que no figuran en ellas las oraciones que hoy se rezan al Señor del Milagro.
La cuarta edición fue publicada en 1897 y se modificó el título a “Novena del Señor y la Virgen del Milagro”, dando preponderancia al Señor del Milagro.
El Himno del Señor del Milagro escrito por Emma Solá de Solá recién aparece en 1942.